Korábban a világon három kakaófajtát ismertek: criollo, forastero és a kettő, ember által kreált hibridje a trinitario. Később ide sorolták még az ecuadori Arriba Nacional fajtát is.
2010-ben aztán egy kutatócsoport a kakaó génállományát vizsgálva összesen 10 alfajt határozott meg, és valószínűleg még ennél is több létezik szerte a világon. A kávétermesztésben ismert arabica és robusta ellentéthez nagyon hasonló a criollo és forastero közti különbség. A criollo (jelentése: kreol, helyi) kakaóbabok az ősi, még vadon termő kakaótól származnak. Lelőhelyük Közép- és Dél-Amerika őserdői. Alacsony terméshozam és változatos ízvilág jellemzi. Ezzel szemben a forastero (jelentése: idegen) jóval ellenállóbb és nagyobb terméshozamú, de laposabb ízű, keserű kakaó. A kettő keresztezéséből jött létre Trinidad szigetén a trinitario, amelyre a criollonál nagyobb terméshozam, de a forasteronál finomabb íz jellemző.
Általánosságban elmondható, hogy a nyugat-afrikai ültetvényeken, ahova a gyarmatosítók telepítették a kakaót, szinte kizárólag forastero fajtát termesztenek, és ez adja a bulk kakaótermés legnagyobb részét is. Az ebből készült csokoládé íze kesernyés, enyhén földes jegyekkel. Ez az a csokoládéíz, ami a legtöbb ember emlékeiben él, ha csokoládéra gondol.
A dél-amerikai országokban jóval magasabb a fine flavour, vagy nemes kakaó aránya. A nagy tömeggyártók alapreceptje gyakran 80-85% bulk kakaóból és 15-20% fine flavour kakaóból áll. Az így létrehozott keverék (blend) ízében előtérbe kerülnek a klasszikus kakaós, csokoládés ízjegyek, de a kellemetlenebb keserű jelleget ellensúlyozza a kis mennyiségű finom kakaó jelenléte.
A kézműves bean-to-bar csokoládékészítők viszont szinte kizárólag fine flavour kakaóbabokkal dolgoznak. Amennyiben forastero kakaóbabokat is használnak (például Tanzániából, Ghánából, Indonéziából), azokat ellenőrzött forrásból szerzik be, ahol odafigyelnek az erjesztési és szárítási folyamatra. Léteznek ugyanis forastero kakaóbabokból készült finom kézműves csokoládék, és megeshet, hogy egy 100%-ban tiszta criollo kakaónak mondott csokoládé viszont, a nem megfelelő feldolgozás miatt, rossz ízű. Ne csak a feliratoknak higgyünk, kóstoljuk meg, és győződjünk meg róla személyesen.